新中国成立后，南京大学党委统战部的发展先后经历了三个阶段：

第一阶段，1960年。南京大学党委增设统战部。

第二阶段，1964年3月至1966年5月。1964年3月31日，经中共江苏省委宣传部批准，南京大学试点成立政治部。政治部下设统战处等八个部门（如下图）。

图为1964年3月至1966年5月南京大学组织机构图

第三阶段，1978年3月至今。1978年3月20日恢复设立党委统战部。1989年3月，学校曾在党委统战部下设立台胞接待办公室，后撤销。

目前，南京大学党委统战部是学校党委独立设置，负责统战工作的职能部门。党委统战部在上级有关部门的指导和学校党委的领导下，调查研究学校统战工作情况，提出统战工作方案，部署落实各项统战工作，为统战对象做好服务工作。